Избухвания, еволюция и рокендрол: Топол говори с Пардис Сабети

2023 Автор: Agatha Gilson | [email protected]. Последно модифициран: 2023-08-25 04:57

Забележка на редактора: Пардис Сабети, доктор на медицинските науки, DPhil, е член на Широкия институт на Харвард и Масачузетския технологичен институт (MIT) и професор в Центъра за системна биология и Катедрата по организмична и еволюционна биология в Харвардския университет. Тя разработва алгоритми за изследване на еволюцията в геномите на най-пагубните и смъртоносни заболявания при хората, като Ебола, Ласа треска и Зика.

Бягайки от иранската революция, мечтаещ за MIT

Ерик Дж. Топол, д-р: Здравейте. Аз съм Ерик Топол, главен редактор на Medscape. Имам специалната привилегия да водя разговор с Пардис Събети. Тя е изключителен учен и лекар в Широкия институт на Медицинското училище в Харвард и MIT. Ще говорим за дъгата на нейния живот и кариера, като започна, когато тя се премести тук на 2-годишна възраст от Техеран.

Pardis Sabeti, MD, DPhil: Да. Дойдохме в САЩ по времето на иранската революция и тук имаме статут на бежанци. След това се преместихме в Хаваи, Ню Джърси, Джорджия и Флорида и се установихме във Флорида.

Д-р Топол: В един момент не бяхте сигурни дали ще притежавате магазин за цветя, ще бъдете романист или ще станете лекар. Това вярно ли е?

Д-р Сабети: Това беше тогава, когато бях на около 6 години. Много харесвах цветята, затова си помислих: „Това изглежда като живота“. Като дете обичах да пиша. Като имигрант и като дете на революцията баща ми се забавляваше като казваше: „Можеш да бъдеш всичко, което искаш да бъдеш по света: адвокат или лекар“. Сестра ми стана адвокат и аз станах лекар, но никой от нас не практикува.

Д-р Топол: Музиката е голяма част от живота ви. Кога това се вкорени?

Д-р Сабети: Това беше едва след завършването на училище. Цял живот съм харесвал музиката и съм свирил малко пиано като дете. През цялото време ходех на концерти. Така ми хареса да прекарвам времето си. Когато бях в училище, имах двама американски приятели и бяхме заедно в Англия. Те биха свирили "фентъзи група" през цялото време и съставяха имена на групи и подобни неща. Една вечер казах: "Защо поддържате фентъзи бандинг? Защо просто не стартирате група?" Казаха, че поне трябва да имат ритъм раздел, така че на следващия ден си купих бас и това започна моето пътуване.

Д-р Топол: Тези дни сте водещ певец и писател на рок група. Колко често се забърквате с това?

Д-р Сабети: Изчезва и восъци. Това не е много благоприятно за преподавателския живот. Пуснах го за малко и след това имах инцидент и го вдигнах отново. Музиката е страхотна, защото всеки път душата ви просто иска да говори и имате възможност да го направите. Доста спорадично е, но напоследък пиша малко музика.

Д-р Топол: По някакъв или друг начин кацнахте в MIT.

Д-р Сабети: В 6 клас идеята да отида в MIT се разпали. Моят учител по математика ни показа състезание 270: Катедрата по машинно инженерство MIT има състезание, в което всеки изгражда роботи, които се конкурират един срещу друг. Видях това видео като дете и си помислих: „Трябва да съм там“. Оттогава бях заключен на MIT като моята школа-мечта.

Д-р Топол: Вие също станахте учен от Родос и отидохте в Оксфорд.

Д-р Сабети: Беше странно преживяване веднага след колежа да се намираш в тази страна на чудесата, която беше Оксфорд, и много екзистенциални кризи се случиха веднага след колежа. Това беше много информативно и страхотно изживяване.

Д-р Топол: Вече започнахте ли да навлизате в цялата селекция, мутация и еволюционна биология?

Д-р Сабети: Не. Мисля, че точно това се случи. Бях ходил в MIT и обичах цялото инженерство, но все пак си мислех, че трябва да съм лекар. Бях имал намерение да отида в медицинско училище, но получих тази стипендия на чучулига. Планирах да отида в медицинско училище, когато се върнах. По пътя, по някакъв начин, в крайна сметка получих докторска степен. Беше интересно преживяване там. Те имаха по-къса докторантура. Тогава започнах да се занимавам с тази работа и това промени посоката на моя живот.

По средата на огнище

Д-р Топол: И тогава вие отидохте в медицинско училище - голям ангажимент. Когато започнахте кариерата си, знаехте ли, че ще бъдете начело на геномната епидемиология на Ебола и Зика?

Д-р Сабети: Определено не. Тъй като никога не съм възнамерявал да бъда учен, нямах много специфичен път за това, което исках да правя. Имам чувството, че съм на лов на чистач; Не знам къде точно върви, но този път привлече вниманието ми от известно време.

Д-р Топол: Това е доста лов. Точно това, което направихте с Ебола - през 2014 г. бяхте обявен за „Личност на годината“и един от 100-те най-влиятелни хора в света. Отидохте в Западна Африка с хора в лабораторията си и много други хора, с които работите, за да се опитате да получите знанията, необходими за титриране на ужасната епидемия от ебола. Можете ли да ни кажете за това?

Д-р Сабети: Разбира се. За едно нещо, аз съм просто малко играч. В края на деня бойците срещу Ебола бяха признати за работата, която всички вършихме колективно. Бях привилегирован да бъда един от хората, които бяха посочени като пример, но това беше колективно усилие. За нас привидно малката част, която изиграхме, беше, че естествено произхождаме от света на геномиката - аз си срязах зъбите по проекта за човешкия геном - където споделянето на данни и откритото усещане за науката беше просто даденост.

Това е огнище, в което се озовахме в средата, защото попадна на сайта, където работехме в Африка. Докато се опитвахме да направим всичко възможно, за да помогнем на нашите сътрудници и партньори там и да привлечем внимание, започнахме да публикуваме наука по този въпрос. Започнахме да пускаме данните си в лабораторията. Интересното беше, че решихме, че не ни интересува да получим признание; просто искахме да извадим данните на света. Парадоксално е, че това ни привлече вниманието. Явно беше необичайно да споделяте данни открито, веднага щом ги генерирате. Стана призив към общността.

Не ни интересуваше признаване; просто искахме да извадим данните на света.

Д-р Топол: Вие поставяте живота си на линия, за да вършите тази работа. Какво беше това?

Д-р Сабети: За да бъда честен, като учен, това е рискът. Известно време работихме върху треска на Ласа. Преди бях под карантина. Поемаме рискове, но те са много премерени, изчислени рискове. По принцип във всички случаи клиницистите са се заразили. Видяхме това през целия борд в огнището. Като изследователи ние работим в много ограничена среда и можем да изолираме нещата много добре. Наистина сме в услуга на клиницистите. Поемаме рискове, но за нас имаше повече риск да попаднем в автомобилна катастрофа, отколкото да се заразим с Ебола. За нас беше чест да бъдем там, за да ги подкрепим.

Д-р Топол: Съвсем наскоро се занимавахте с историята на вируса Zika. Къде стоим с това?

Д-р Сабети: Зика е различен. Ебола беше бързо ескалиращо огнище. Това беше един от онези вируси, които могат да предават от човек на човек с много остри инфекции и много висока смъртност. Това беше плашещо събитие. Зика е по-малко фатален. Не се предава толкова лесно. Обикновено включва комари. Но това е по-предизвикателен вирус за битка; тя е по-широко разпространена и комарите са трудни за управление. Вирусът се скрива малко в ниски концентрации в кръвта за кратки периоди от време, така че диагнозата е предизвикателна. Но това става наистина важно поради ефектите, които може да има върху бременността и върху децата, родени от майки, които имат Зика. Зика предизвиква висцерална реакция у всички нас, защото засяга уязвимо население, за което всички се грижим.

Моля, играйте с нашите данни

Д-р Топол: През 2015 г. вие проведохте TED Беседа за това как ще се справим със следващия смъртоносен вирус. Можете ли да обобщите какво сте говорили по това време?

Д-р Сабети: Това беше в средата на огнището на Ебола. Бях помолен да говоря в TEDWomen. Току-що обсъдих какво мислеше навремето. Всъщност не бях мислил какво точно ще бъде съобщението и не знаех задължително, че ще бъде публикувано онлайн. Всъщност, аз пеех по време на разговора си. В стаята беше добре, но искаха да го изрежат и да го направят правилната дължина [за TED Talks онлайн]. Просто се забавлявах с него. Съобщението беше за огнища и колко плашещи са те. Но това е война, която можем да спечелим, но която печелим чрез сътрудничество. Тя е много различна от другите видове заплахи за човечеството. Това почувствах - силата на човешкия капацитет и любовта за преодоляване на тези видове предизвикателства.

Д-р Топол: Всъщност това е едно нещо, което исках да подчертая в нашия чат. Събрали сте глобален двигател за съвместна работа, който е изящен при споделянето в реално време на данни в тези разследвания на Шерлоккиан за мутациите във вирус, отчитащи неговото движение. Чрез секвениране имаме този забележителен инструмент. Но ако не с факта, че бихте могли да сглобите всички хора и части по света, това може да не работи прекалено добре, нали?

Д-р Сабети: Абсолютно. Имам страхотни хора в моята лаборатория, които са невероятно съвместни. Във всеки момент мислим как да достигнем до другите. Беше забавно. Много от нашите сътрудничества се случиха, когато пуснахме данните си в мрежата. Някои от най-големите лидери по света се обърнаха към нас и казаха: „Това ли беше грешка? Искахте ли да освободите това?“Ние казахме: "Не; моля, играйте с него."

Така се оформя сътрудничеството. В исторически план общността беше много омразена и конкурентоспособна. Но има коалиция на желаещите, които просят. Изглежда, че веднага щом го направихме, група хора наистина огласи. Бяхме развълнувани от възможността да работим заедно.

Д-р Топол: Това беше вдъхновение, защото никога не съм виждал такова ефузивно споделяне, с такава бързина и толкова разпространено в световен мащаб. Това е нов модел и бих искал да направим това навсякъде във всички изследвания в медицината.

Без недостиг на епидемични пъзели

Д-р Топол: Вие сте доста млад и постигнахте доста. Имате Национална награда за институт на здравния иноватор, лаборатория с 34 души и много се случва. Къде отиваш оттук? Коя е следващата фаза от вашата кариера?

Д-р Сабети: Има много неща за вършене при огнища. Ние наистина просто надраскваме повърхността. В този момент ние идентифицираме проблема. Ние сме на много вълнуващо място за технологията. Ако го използваме по правилния начин, можем да имаме мощна мрежа, която може да реагира много бързо. Аз съм посветен на това. Това е нещо, което отдавна искам да правя. Аз съм посветен на студентите в моята лаборатория. Обичам работата си и това, което правя.

И аз съм се движил. Този лов на чистач ме отведе в други проекти, от които се интересувам. През цялата си кариера съм влязъл в области, където се случва неочакваното или не е задължително да гоня очевидното следващо голямо нещо. Никой не знаеше за вируса на Ласа треска, но аз се чувствах силно за него. Има няколко от тези видове пъзели, които искам да реша.

Д-р Топол: Мислите ли, че ще се забъркате с идеята, че трябва рутинно да използваме секвениране на ранни стадии за диагностициране на инфекции?

Д-р Сабети: Вече правим това. Майкъл Уилсън направи страхотна презентация тази сутрин [в Future of Genomic Medicine X]. Правим много подобни неща в Бостън в нашата клиника. Диагностицирахме редица случаи чрез изследователски подход, но много преди клиничната диагноза.

Д-р Топол: Готови ли сте почти да започнете да го използвате клинично?

Д-р Сабети: Все още има неща, които трябва да бъдат поставени, но това са мощни данни. Създаваме лаборатория CLIA и развиваме тази работа. Случва се в цялата страна. Изследователските центрове, които правят много последователности, се опитват да създадат способността за това.

Д-р Топол: Виждате ли деня, в който ще бъдат използвани секвенции от USB USB стикове за секциониране в отдалечени части на света и по някакъв начин получаване на данни чрез интернет, за да разберете по този начин грешката?

Д-р Сабети: Абсолютно. MinION е наистина мощен модел. Очевидно е, че всички тези неща трябва да продължат да напредват. Виждаме, че технологията на генома далеч надхвърля закона на Мур. Не трябва да бъде много дълго, докато всички не имаме такъв в къщите си. Честно казано, никой никога не трябва да ходи в болницата, ако има инфекция. Тя се превръща в изтребител; получавате друга инфекция. В крайна сметка ще стигне до този момент. Дори и да успеем да ги вкараме в основните клиники и големите градове, това ще има голяма промяна.

Д-р Топол: Джордж Оруел нарече болницата "преддверието до гробницата". Не знаеше, че това е заради нозокомиална инфекция.

Бих искал да говоря с вас с часове и знам, че хората, които слушат, са много заинтригувани, защото сте направили толкова много, за да промените лицето на медицината в тези глобални епидемии. Дължим ви. Не само това, но си обучил толкова много добри хора. Радваме се, че имахме възможност да помогнем на хората от медицинската общност да ви опознаят, защото няма много хора като вас, Pardis.

Благодаря ви, че се присъединихте към нас и благодаря на всички, които слушате. Това беше забавна дискусия и мисля, че ще чуем много повече от Pardis през следващите години. Благодаря ти.